第二，高校缺乏科学研究权。我国虽然在高校科研权的规定方面很宽松，但在现实中该权利还是受到了种种限制。由于当前政府的科研经费有限，高校为了获得经费，往往在科研活动中顺从政府的意志导向，这在一定程度上损害了研究的客观性，不利于学术的长远发展。
第三，高校缺乏财产管理和使用权。我国虽然在1998年《高等教育法》中就规定了学校的财产权，但高校的这种权利并没有得到很好地落实，政府在高校的财产的使用方面统得过多过死，教育部下拨的经费须经行政部门审批才能使用，而且只能专款专用[25]，这便导致高校难以自主管理和使用学校的财产，影响了教育资源的合理配置。
3.普通高中及中等职业学校缺乏办学自主权
2009年11月，由中国教育学会高中教育专业委员会、安博教育集团、北京圣陶教育发展与创新研究院联合举办的首届安博教育高端论坛基础教育分论坛正式召开。本次论坛汇集了来自全国各地200多名中学校长，对学校的办学自主权问题展开了广泛讨论，从中反映出我国的高中和中等职业学校缺乏办学自主权的问题。
第一，高中缺乏财产管理和使用权。我国高中的办学经费由政府统一下拨，经费的使用和分配也受到政府的严密控制，学校不能独立管理和使用经费，从而限制了学校的自主发展。如一位来自河南的校长指出：“政府不允许学校挣钱也不允许学校多发钱，包括奖金、绩效工资等全由财政统一拨付，即便学校挣再多的钱也不准多发给教师，只能用于学校发展。但学校怎样发展校长没有自主权，只可以决定做什么，所涉及的东西必须通过政府统一招标购买，也只能购买政府指定厂家的产品。”