以上可说是章、孙关系的第三时期，章太炎由参加孙中山的护法运动到西行联络唐继尧，由“联省自治”到反对孙中山的统一主张，由反对改组后的国民党到另组辛亥同志俱乐部。思想急剧倒退，“身衣学术的华衮，粹然成为儒宗”了。
章太炎和孙中山的关系，大体就是这样。
二
章太炎和孙中山矛盾的形成和发展，每每是在革命的重要阶段或关键时刻。
章太炎在同盟会中闹分裂、攻击孙中山，是在全国革命运动日渐高涨，武装斗争不断展开的时候。它发端于1907年，是由于《民报》的经费和续刊问题引起的。当孙中山被日本政府驱逐出境时，从一万五千元馈金中提出两千元留作《民报》经费，余款悉充军费。当时《民报》经费确有困难，萍乡之役以后，“《民报》已不能输入内地，销数减半，印刷、房饭之费，不足自资”；但孙中山发动武装起义，经费更是困难，章太炎却对此不能谅解，加以诘难。这时，同盟会组织多次武装起义失败，有些不坚定分子因此表现消极。孙中山离开日本后，“真是群龙无首，一盘散沙”[35]。1908年10月，《民报》被封禁，孙中山正在南洋各地加强同盟会的组织领导和筹办军饷，章太炎“屡以函致南洋，欲孙文有所接济”，孙中山往返新加坡、暹罗间，策划起义，也实无力顾及。陶成章到南洋筹款，受到同盟会的阻止，采取光复会的名义进行活动，形成分裂。在革命策略上，陶成章不满于孙中山侧重华南武装斗争，主张“中央革命”，即在江浙或华北地区起义，章太炎则强调文字宣传，续办《民报》。然而，续办《民报》的却是汪精卫，章太炎益为不满，作《伪民报检举状》，责骂孙中山“背本忘约，见危不振”，甚至说是什么“怀挟巨资”“干没可知”，“今精卫复伪作《民报》……思欲腾布南洋、美洲，借名捐募”，公开发表在《日华新报》上，并为新加坡保皇报《南洋总汇报》所转载，影响极坏。孙中山所说：“陶之志犹在巨款不得，乃行反噬；而章之欲则不过在数千不得，乃以罪人。陶乃以同盟会为中国，而章则以《民报》社为中国，以《民报》之编辑为彼一人万世一系之帝统，故供应不周，则为莫大之罪。《民报》复刊，不以彼为编辑，则为伪《民报》。”[36]基本情况就是这样。1910年初，光复会在东京成立总部，推章、陶为正副会长，在南洋和同盟会争夺势力，“骎骎有取同盟会而代之之势”[37]，闹派别纠纷。